Esta hermandad se fundó en el año 1537 por los frailes menores, Fray Antonio de Santander y Fray Francisco de Huete, este último confesor de Doña Ana Inés de Mendoza y Portocarrero, cuarta Duquesa de Alba. Previamente habían pedido permiso al regente de España, Fray Francisco de Cisneros que gobernaba por entonces, y les concedieron no lo que ellos solicitaban que era pedir para la orden todos los domingos; sino que las limosnas recogidas fuesen a destino de rezos y sufragios de las Benditas Ánimas de Purgatorio y que saliesen además en las vísperas de La Virgen y Natividad del Señor, o sea en Navidad, días del 25 al 29 de diciembre, en la que se celebraba también la de los cascaborras.

Como hemos mencionado antes en 1543 se fusionan la hermandad de animas con los cascaborras, acompañados por costaleros y música de cuerda, presidía el estandarte de la Virgen del Carmen, haciendo el recorrido por calles y plazas, tradición que aún se conserva. En 1790 se crean unos estatutos y ordenanzas que ponen en regla a la hermandad de Ánimas con la iglesia, y que le dan un fuerte impulso por insistencia y constancia de paisanos cultos y menos cultos de aquella época.
Todo esto desaparece por la invasión napoleónica, años 1804 a 1813, que nace otra vez por iniciativa de Fray Gerardo de Muela, quien consiguió del entonces Rey D. Fernando VII una Real Cédula en la que transfería los poderes de autoridad en el pueblo durante los días del recorrido de esta hermandad, compuesta por alcaldes, ministros y secretario, conocidos todos éstos actualmente por “los inocentes”; el atuendo de éstos, es del estilo de aquella época napoleónica que aún se conserva.
El primer día de mandato, primer día de pascua, se leía un manifiesto al pueblo en el lugar más concurrido, lo que actualmente conocemos por el pregón de la pascua , Animas o de los inocentes.

Actualmente la Hermandad de Ánimas de Puebla de Don Fadrique, mantiene todas sus tradiciones casi intactas y apoyada por la totalidad de su pueblo e impulsada por la fuerza de la juventud que ha sabido empaparse del conocimiento de sus mayores que también heredaron de sus antepasados, hacen que esta fiesta y devoción aún perdure después de más de 512 años.
Puebla de Don Fadrique y sus visitantes han hecho posible con su ayuda que esta hermandad pueda reunirse en un local durante sus fiestas, abrigados por el recuerdo fotográfico de personas que hicieron y hacen que aún se conserve esta tradición. Este local se encontrará abierto para todo aquel que lo desee entre los días 25 y 29 de diciembre coincidiendo con la celebración de sus actos.

La Hermandad de Ánimas y sus fiestas, son sin duda la manifestación festiva, cultural y religiosa más importante de Puebla de Don Fadrique, teniendo un lugar destacado en el desarrollo de otras actividades también culturales y patrimoniales del pueblo. Teniendo una música propia difícil de interpretar, con cantos y rezos ancestrales envidiados y copiados por otros pueblos que sorprenden a todo aquel que nos visita así como emocionan a quien los conoce y los siente por su condición de poblato.
La lista de curiosidades y participaciones de esta hermandad sería casi interminable a través de los años y aunque la relación religiosa siempre ha sido importantísima, nuestra hermandad ha sabido anteponer en ciertas ocasiones las necesidades humanas acaecidas por la guerra civil española, ayudando en la medida posible a quien lo necesitase y tratando de alegrar a niños y mayores con su música y su colorido, haciéndoles olvidar las penas por un momento.